NHÚ se zabývá vědeckým výzkumem ekonomické teorie na makro- i mikroúrovni, veřejnými financemi, ekonometrií, ekonomickou integrací, ekonomií práce, strukturou a organizací trhů, mezinárodním obchodem, mezinárodními financemi, ekonomikou životního prostředí, ekonomikou zdravotnictví, experimentální ekonomikou, tranzitivní ekonomikou a dalšími oblastmi, jež souvisejí s přechodem k tržní ekonomice a vstupem do EU.